Mit der Etablierung der Chemie als wissenschaftliche Disziplin und eigenständige Ausbildungsrichtung begann das verstärkte Sammeln von chemischen Präparaten. Diese stammten aus Schenkungen, aber auch aus Apotheken und chemischen Fabriken wie der BASF oder der Chemischen Fabrik Kalle & Co., wie aus Jahresberichten des Instituts vom Beginn des 19. Jahrhunderts hervorgeht. Einige Objekte waren zuvor auch auf der Weltausstellung in St. Louis zu sehen gewesen. Davon zeugen noch die alten Etiketten. Die Präparate wurden als Schauobjekte in der Vorlesung genutzt.

Die Farbstoffsammlung wurde von August Michaelis, die Terpenoidsammlung von Richard Stoermer begründet.

Die Präparate der Sammlung lassen sich wie folgt systematisieren:

• Farbstoffsammlung
  • Indigoide Farbstoffe
  • Azofarbstoffe
  • Anthrachinonfarbstoffe
  • Indanthrenfarbstoffe
  • Phenazinfarbstoffe
  • Pigmentfarben
  • Triphenylmethylfarbstoffe
  • Farbhilfsstoffe
  • Indikatoren
• Alkaloidsammlung
• Terpenoidsammlung